Mezi nejvýznamnější ceny, které Univerzita Karlova každoročně vyhlašuje, patří zejména Bolzanova cena, která je určena studentům všech tří akademických stupňů za vynikající závěrečné práce, které byly publikovány či obhájeny v právě končícím akademickém roce. Jednotlivé fakulty se dále každý rok účastní Soutěže vysoce kvalitních monografií na UK, která oceňuje významné publikace autorů či autorských kolektivů z UK. Dalšími oceněními na UK jsou dvě ceny rektora UK (Mimořádná cena rektora a Cena rektora pro nejlepší absolventy UK), Cena Jaroslava Jirsy za nejlepší učebnici roku, Cena Bedřicha Hrozného za tvůrčí počin či Cena Miroslava Petruska za prezentaci Univerzity Karlovy. Podrobnosti o cenách naleznete níže.
| BOLZANOVA CENA | Za Bc., Mgr. nebo Ph.D. práci, která byla obhájena či publikována v končícím ak. roce. |
| SOUTĚŽ VYSOCE KVALITNÍCH MONOGRAFIÍ | Za nejvýznamnější monografie z předloňského kalendářního roku, které jsou v RIV. |
| CENA ARNOŠTA Z PARDUBIC | Pro vynikajícího vyučujícího UK a za vynikající počin ve vzdělávací činnosti na Univerzitě Karlově. |
| CENA BEDŘICHA HROZNÉHO ZA TVŮRČÍ POČIN | Za významný a originální tvůrčí počin, například za odbornou časopiseckou nebo knižní publikaci, umělecké dílo, pořádání výstavy, realizovaný patent apod. |
| CENA JAROSLAVA JIRSY ZA NEJLEPŠÍ UČEBNICI ROKU | Za nejlepší učebnici roku vydanou UK či jejími součástmi v předchozím ak. roce – učební texty a skripta (první vydání). |
| CENA MIROSLAVA PETRUSKA ZA PREZENTACI UK | Za pozitivní počin, který má dopad na vnímání UK na veřejnosti. |
| CENA REKTORA PRO NEJLEPŠÍ ABSOLVENTY UK (MIMOŘÁDNÁ CENA REKTORA) |
Za mimořádné výsledky Bc. nebo Mgr. studentů na konci studia. |
