V roce 1994 bylo poprvé otevřeno magisterské studium oboru slovakistika, do něhož nastoupilo prvních šest studentů. Slovakistika na FF UK je specifická svým zaměřením na česko-slovenské vztahy, kterými se zabývá v oblasti jazyka, literatury a historie.
O počáteční rozvoj oboru se zasadila řada osobností z různých vědních oblastí, jako jsou literární vědci Ludvík Patera a Rudolf Chmel, lingvisté Alexandr Stich, Oľga Schulzová a Mira Nábělková, historici Ján Mlynárik, Jan Rychlík a další. Prvními absolventy byli Michal Stehlík, bývalý děkan a dnes profesor na FF UK, a Michal Lukeš, nynější ředitel Národního muzea. K pozdějším významným absolventům patří Lucia Molnárová Satinská, dcera Júlia Satinského a současná vedoucí jednoho z oddělení Jazykovedného ústavu Ľudovíta Štúra Slovenské akadémie vied, a Radoslav Passia, bývalý doktorand naší slovakistiky, dnes zástupce ředitelky Ústavu slovenské literatúry SAV.
Ústřední postavou pražské slovakistiky potom byla Mira Nábělková, která slovakistický výzkum a výuku u nás formovala více než dvě desetiletí. Svým záběrem je zatím nepřekonaná její kniha Slovenčina a čeština v kontakte: pokračovanie príbehu z roku 2008. I díky docentce Nábělkové je slovakistika na FF UK specifická svým výrazným zaměřením na česko-slovenské vztahy. Zabývá se jimi nejen v oblasti jazyka, ale také literatury a díky Marku Junkovi i v oblasti historie.
Na tuto tradici od Nového roku navazuje projekt současných pracovníků semináře slovakistiky Mariána Slobody a Jany Pátkové „Česko-slovenský kontakt a komunikace v období od rozdělení federace“, který byl Grantovou agenturou ČR přijat k financování na období 2025–2027.
Více se o slovakistice můžete přečíst na webu Ústavu etnologie a středoevropských a balkánských studií FF UK.