Doc. Marek Jakoubek z Ústavu etnologie FF UK získal Čestné uznání Bulharské akademie věd za přínos k bulharistice. Ocenění mu bylo uděleno za etablování bulharistického výzkumného centra v Plzni. Na vybudování obdobného centra na půdě pražského ústavu pracuje v současné době.
Výzkumy na území Bulharska realizuje Marek Jakoubek od roku 1997. První výzkum zdejší české vesnice Vojvodova, na kterém spolupracuje se svojí ženou dr. Lenkou Jakoubkovou Budilovou působící též na Ústavu etnologie FF UK, trvá dodnes. V průběhu let výzkumníci navázali spolupráci s pamětníky a potomky vojvodovských Čechů a společně s nimi založili v roce 2009 vojvodovské webové stránky pro zájemce o danou tematiku.
Doc. Jakoubek se primárně zabývá teorií etnicity (viz publikace Teorie etnicity. Čítanka textů, Etnické skupiny, hranice a identity a Ethnic Groups and Boundaries Today: A Legacy of Fifty Years). Vojvodovský výzkum se však věnoval především procesu „nacionalizace“ původně religiózně vymezené komunity – tedy tomu, jak se její členové začali seznamovat s ideou, že jsou příslušníky českého národa, a proměnám kolektivních identit členů komunity v čase. V současnosti se výzkum zaměřuje na studium reemigrace vojvodovské komunity do ČSR v letech 1949–1950.
„Ptáte-li se, nač jsem hrdý, tak v daném kontextu snad na to, že se mi z Vojvodova podařilo udělat téma a umístit ho na etnologickou/antropologickou mapu. Když jsem začínal, tuhle malou dědinku prakticky nikdo neznal. Dnes ji řada odborníků označuje za nejprozkoumanější krajanskou vesnici vůbec,“ uvádí doc. Jakoubek. „Rovněž jsem hrdý na to, že se mi už řadu let daří další a další ročníky studentů přesvědčit o tom, že Bulharsko je země pro antropologický výzkum jako stvořená.“
Kromě Vojvodova se pan docent v průběhu let orientoval i na další české komunity v Bulharsku, jako je česká kolonie při cukrovaru v Gorné Orjachovici nebo české osídlení turecké vesnice Belinci. Prostřednictvím komentovaných pramenných edic zároveň vydává dokumenty o Češích v Bulharsku, sesbírané v archivu Československého klubu T. G. Masaryka v Sofii. Z materiálů plánuje vydat publikaci zaměřenou na české a slovenské komunity v Bulharsku mimo velká města.
Společně s dalšími autory hodlá také sestavit publikaci věnující se Čechům, kteří v Bulharsku žijí v současné době. „Češi v Bulharsku jsou fenomén, ale vždy se mluví jen o minulosti a pořád dokola se opakují jména jako Jireček, bratři Škorpilové a další velikáni z dob po osvobození Bulharska. Ale Češi zde jsou i dnes – jak potomci přistěhovalců z dávných let, tak z dalších migračních vln. Také se tu každoročně během sezóny objevují tisíce českých turistů a některé další, specifičtější skupiny. Ve Vojvodovu pak žije poslední ‚mohykán‘ – poslední vojvodovský Čech Ludvík Kopřiva. Práce by měla zachytit právě tuto současnou situaci.“
Vedle antropologických výzkumů se doc. Jakoubek věnuje i překládání z bulharštiny, především publikacím významného bulharského etnologa a bohemisty prof. Vladimira Penčeva (Po serpentinách sebepoznání a poznání toho druhého, 2012). Na FF UK pak vyučuje předměty Teorie etnicity, Teorie nacionalismu, Terénní výzkum, Teorie etnologických a antropologických věd a Antropologie Evropy.
