- Český egyptologický ústav
- Fonetický ústav
- Jazykové centrum
- Katedra andragogiky a personálního řízení
- Mediatéka JC FFUK
- Katedra estetiky
- Katedra divadelní vědy
- Katedra pedagogiky
- Katedra pomocných věd historických a archivního studia
- Katedra filmových studií
- Katedra logiky
- Katedra psychologie
- Katedra sociologie
- Katedra sociální práce
- Katedra jihoslovanských a balkanistických studií
- Katedra teorie kultury (kulturologie)
- Katedra tělesné výchovy
- Katedra středoevropských studií
- Středisko ibero-amerických studií
- Ústav anglického jazyka a didaktiky
- Ústav anglofonních literatur a kultur
- Ústav Blízkého východu a Afriky
- Ústav české literatury a literární vědy
- Ústav bohemistických studií
- Ústav Českého národního korpusu
- Ústav českých dějin
- Ústav českého jazyka a teorie komunikace
- Ústav Dálného východu
- Ústav etnologie
- Ústav germánských studií
- Ústav filosofie a religionistiky
- Ústav hospodářských a sociálních dějin
- Ústav informačních studií a knihovnictví
- Ústav hudební vědy
- Ústav pro klasickou archeologii
- Ústav lingvistiky a ugrofinistiky
- Ústav pro dějiny umění
- Ústav politologie
- Ústav jižní a centrální Asie
- Ústav pro pravěk a ranou dobu dějinnou
- Ústav řeckých a latinských studií
- Ústav románských studií
- Ústav teoretické a komputační lingvistiky
- Ústav srovnávací jazykovědy
- Ústav světových dějin
- Ústav translatologie
- Ústav východoevropských studií
